保存方法は、大きくわけて次の4つがあります。どの方法でおこなうかは、売上高や対応できない要件があるかなどをもとに、ご自身で判断してください。
《すべての事業者（原則の方法）》
先の3つの要件（Ａ 改ざん防止のための措置をとる、Ｂ 日付・金額・取引先で検索できるようにする、Ｃ ディスプレイ・プリンタなどを備え付ける）を満たして、電子データを保存します。印刷した書面を保存する必要はありません。
《2年前の売上高が5,000万円以下の事業者》
その年の2年前の売上高が5,000万円以下の事業者であれば、その年の電子取引のデータ保存は、2つの要件（Ａ 改ざん防止のための措置をとる、Ｃ ディスプレイ・プリンタなどを備え付ける）を満たして、データを保存します。この場合、税務調査等の際にデータのダウンロードの求めに応じることができるようにしていることが必要です。
《書面に印刷して整理することができる事業者》
データを書面に印刷して整理して保存のうえ、2つの要件（Ａ 改ざん防止のための措置をとる、Ｃ ディスプレイ・プリンタなどを備え付ける）を満たして、データも保存します。この場合、税務調査等の際にデータのダウンロードと印刷した書面の提示・提出のそれぞれの求めに応じることができるようにしていることが必要です。
※ 「データを書面に印刷して整理して保存」とは、取引先と書面でやり取りした場合と同じように、データの内容が正確に読み取れる状態で印刷した書面を、日付順・取引先ごとに区分して整理し、保存することをいいます。
《要件を満たせないことに相当の理由があると税務署長が認める事業者》
要件を満たせないことに相当の理由があると税務署長が認める事業者は、データを書面に印刷して保存のうえ、データも保存します。この場合、税務調査等の際にデータのダウンロードと印刷した書面の提示・提出のそれぞれの求めに応じることができるようにしていることが必要です。
※ この方法は税務署への事前申請などは必要ありません。たとえばデータそのものの保存はできるけれども保存の要件を満たすシステム等の整備が間に合わないなど、要件にしたがって保存するための環境が整っていない「相当な理由」がある場合に認められます。
以上を図にしたものが、国税庁から公表されています。